Σήμερα η Εναλλακτική Ιατρική χρησιμοποιεί τον ύσσωπο στη θεραπευτική της φαρέτρα για μια ποικιλία προβλημάτων σε συνδυασμό με άλλα βότανα. Αντιπροσωπευτικά παραδείγματα παθολογικών προβλημάτων όπου θεωρείται πως βοηθά ο ύσσωπος εναι:
Σύμφωνα με μελέτες, ο ύσσωπος επιπρόσθετα:
Παρενέργειες
Ο Ύσσωπος έχει εμμηναγωγό και εκτρωτικό αποτελέσματα και δεν πρέπει να χρησιμοποιείται από έγκυες και κατά τον θηλασμό.Το βότανο, ιδιαίτερα με τη μορφή των αιθέριων ελαίων έχει ενοχοποιηθεί για σπασμούς. Σε μελέτες αρουραίοι που έλαβαν υψηλές δόσεις αιθέριων ελαίων σε ενέσιμη μορφή παρουσίασαν γενικευμένη κρίση με σπασμούς και θάνατο.
Η νευροτοξικότητα του ύσσωπου φαίνεται ότι συνδέεται σχετίζεται με τα τερπένια που περιέχει. Άσθενείς που πάσχουν από επιληψία δεν πρέπει να χρησιμοποιούν το βότανο.
Όπως στην περίπτωση όλων των βοτάνων όταν χρησιμοποιούνται για ιατρική χρήση, πρέπει να λαμβάνεται μέριμνα το βότανο να είναι ελεύθερο προσμίξεων και να υπάρχει η ενδεικνυόμενη ιατρική παρακολούθηση για τον καθορισμό της δοσολογίας και της διάρκειας της θεραπείας.